У довідці про трудову діяльність Сергія Івановича написано, що після закінчення навчального закладу та строкової служби він пішов працювати старшим помічником прокурора в прокуратуру Московського (нині Голосіївського) району Києва. Втім, невдовзі майбутній суддя йде на підвищення та стає старшим прокурором столичної прокуратури. На своє нинішнє місце роботи, тобто в господарський суд Києва, Сергій Ковтун перейшов у 2001 році на п’ятирічний строк. Після сплину цього терміну Верховна Рада переобрала суддю, але вже на необмежений строк. Отже, Сергій Анатолійович виступає арбітром у господарських суперечках уже близько сімнадцяти років.

Ім’я Сергія Ковтуна неодноразово згадувалося в контексті резиденції Януковича «Межигір’я», бо саме його рішення «закріпило» передачу комплексу з державної власності у приватну. Рішення мало на меті унеможливити оскарження, очевидно, незаконного договору, за яким Едуард Ставицький від імені «Надра України» передав Межигір’я ТОВ «Медінвесттрейд» в обмін на будівлі в Києві. Договір укладено 29 вересня 2007 року, тут же оскаржено покупцем, а 23 жовтня 2007 року суддя Ковтун уже виніс доленосне рішення, яким «благословив» цей договір. Згодом ця резиденція перейшла у власність ТОВ «Танталіт», підконтрольній оточенню Януковича. Після того, як подія набула суспільного розголосу, Ковтуна стали називати «сімейним» суддею екс-президента.

У 2017 році Вищий господарський суд України це славнозвісне рішення Ковтуна скасував, посилаючись на порушення суддею норм процесуального права.

Відомо також, що на підставі ухвали Печерського райсуду Києва у 2015 році прокуратуру було зобов’язано внести відомості до Єдиного державного реєстру досудових розслідувань щодо протиправних дій судді господарського суду міста Києва Сергія Ковтуна. Про це повідомляло видання «Лівий берег». Підставою для порушення кримінального провадження стала заява голови правління «Укрсоцбанку» Тамари Савощенко. Наразі доля вказаної справи залишається невідомою.

Ми проаналізували декларації Сергія Ковтуна за 2014, 2015, 2016, 2017 роки, а також форми змін до них. Сергій Анатолійович декларує заробітну плату з процентами від банківських вкладів, а дружина – дохід від нотаріальної діяльності. Її сумарний прибуток за три роки склав 2 476 878 грн.

Станом на 2017 рік у банківських установах готівкою сім’я Ковтунів зберігає 62 466 євро, 346 072 гривень і 425 доларів заощаджень.

Сергій Анатолійович володіє двома земельними ділянками в Київській області з 2006 року. Їхня вартість на дату набуття складала понад 60 тисяч гривень. Наділами в Івано-Франківській області володіє дружина судді Олександра, щоправда, меншими площами: 800 та 700 кв. м.